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lammps 并行安装教程

来源:www.cncaccc.com 时间:2024-06-11 11:32:43 作者:板眼安装网 浏览: [手机版]

  lammps 一款于分子动力学模拟的软件,其支持并行计算,可以大大提高计算效率来源www.cncaccc.com。本教程将介绍如在 Linux 系统下安装并行版的 lammps。

lammps 并行安装教程(1)

  备工作

  在开始安装之,需确保系统已经安装了以下软件:

  - GNU C++ 编

- MPI 库

  - FFTW 库

  如果系统中没有安装上述软件,可以通过包管理器进行安装板眼安装网。例如,在 Ubuntu 系统下可以使以下命令安装:

  ```

  sudo apt-get install g++ openmpi-bin libopenmpi-dev libfftw3-dev

  ```

下载和解压缩 lammps

  可以从 lammps 的官网(https://lammps.sandia.gov/)上下载最新版本的 lammps。下载完成后,将压缩包解压缩任意目录下,例如:

  ```

  tar -xvf lammps.tar.gz

  ```

进入 lammps 的源代码目录

  ```

  cd lammps

```

选择需安装的模块

lammps 支持多种模块,例如分子动力学、****模拟、分子动力学和****混合模拟等板~眼~安~装~网。在安装时需选择需安装的模块。可以通过以下命令列出所有可选的模块:

  ```

  make package

```

选择需安装的模块,例如选择分子动力学和 Rigid 模块:

  ```

  make yes-MOLECULE

  make yes-RIGID

  ```

  配置编选项

  在进行编,需配置编选项板_眼_安_装_网。可以通过以下命令进行配置:

  ```

  cp MAKE/Makefile.linux_mpi Makefile

  ```

  将 Makefile 中的以下选项修为相应的值:

- CC:C++ 编器的路径

  - CCFLAGS:编器选项

  - MPI_INC:MPI 头文件的路径

  - MPI_PATH:MPI 库的路径

  - FFT_INC:FFTW 头文件的路径

- FFT_PATH:FFTW 库的路径

例如,如果使 OpenMPI 和 FFTW3,可以将 Makefile 中的以下选项修为:

  ```

  CC = mpicxx

  CCFLAGS = -O3 -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG

MPI_INC = -I/usr/include/openmpi-x86_64

  MPI_PATH = -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/lib

FFT_INC = -I/usr/include

  FFT_PATH = -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu

  ```

  编和安装

完成配置后,可以进行编和安装。可以通过以下命令进行编

  ```

  make mpi

```

完成后,可以进行安装欢迎www.cncaccc.com。可以通过以下命令进行安装:

```

make install

  ```

  安装完成后,可以在 bin 目录下找 lammps 可执行文件。

测试

可以使以下命令进行测试:

```

mpirun -np 4 lmp_mpi -in examples/melt/in.melt

  ```

  该命令将使 4 个进程运行 examples/melt/in.melt 文件原文www.cncaccc.com

  总

教程介绍了在 Linux 系统下安装并行版的 lammps。需注意的,lammps 的安装和配置可能会因不同的系统和软件版本而有所不同,本教程仅供参考板~眼~安~装~网

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